Hlavní rozhodnutí MKOOpZ jsou schvalována na zasedáních Komise, kterého se účastní delegace všech smluvních stran. Práce MKOOpZ probíhá v pracovních skupinách složených z odborníků, jmenovaných delegacemi smluvních stran. Tyto pracovní skupiny vypracovávají akční programy k dosažení stanovených cílů, které pak Komise předkládá smluvním stranám ve formě návrhů a doporučení.
Sekretariát MKOOpZ podporuje Komisi, prezidenta Komise, vedoucí delegací a pracovní skupiny při realizaci jejich úkolů.
Činnost MKOOpZ je financována z příspěvků tří smluvních stran, z darů, dotací, úroků a prostředků pocházejících z jiných zdrojů.
Pracovními jazyky Komise jsou čeština, němčina a polština.
Strukturu MKOOpZ ilustruje organizační schéma.