Die Anrainerstaaten haben auch die Grenzen der FGE Oder abgestimmt. Einer komplizierteren Abstimmung bedurfte die Ausweisung der Grenzen innerhalb des Stettiner Haffs. Endgültig wurde das ganze Stettiner Haff samt dem Swine-Strom der Internationalen Flussgebietseinheit Oder zugeordnet.
Die Flussgebietseinheit Oder grenzt im Süden an die Internationale Flussgebietseinheit Donau, im Südwesten an die Internationale Flussgebietseinheit Elbe, im Nordwesten an die Flussgebietseinheit Warnow-Peene und im Osten an die Internationale Flussgebietseinheit Weichsel.
Parallel mit der Ausweisung der Flussgebietseinheit Oder wurden sechs sog. Bearbeitungsgebiete festgelegt.
- Obere Oder
von der Quelle bis zur Mündung der Glatzer Neiße
- Mittlere Oder
von der Mündung der Glatzer Neiße bis zur Mündung der Warthe
(ohne Lausitzer Neiße-Flussgebiet)
- Lausitzer Neiße
von der Quelle bis zur Mündung in die Oder
- Warthe
von der Quelle bis zur Mündung in die Oder
- Untere Oder
von der Mündung der Warthe bis zur Mündung ins Stettiner Haff
- Stettiner Haff samt dem Swine-Strom