Der Vorsitz in der IKSO wird jeweils für die Dauer von drei Jahren von der Delegation einer der IKSO-Vertragspartei übernommen. Die Delegation, die in dem entsprechenden Zeitraum den Vorsitz in der IKSO wahrnimmt, benennt den/die Präsidenten/in der Kommission. Der/die Präsident/in vertritt die Kommission und leitet die ordentlichen und außerordentlichen Tagungen der Kommission sowie die Beratungen der IKSO-Delegationsleiter/innen.
Für den ersten Zeitraum, der auch die Tätigkeit der Vorläufigen Kommission (von 1996 bis 1999) umfasste, übernahm die Republik Polen den Vorsitz in der IKSO. In dieser Zeit übten folgende Personen die Funktion des Präsidenten der Kommission aus: Leszek Bagiñski (1996 – 1998), Rados³aw Gawlik (01.1999 – 08.2000).
Nach der Ratifizierung des IKSO-Vertrags übernahm die polnische Delegation als Erste den Vorsitz in der IKSO für einen Zeitraum von drei Jahren mit Janusz Zaleski als Präsident der Kommission (08.2000 – 12.2001). Im Jahr 2002 wurde der Vorsitz in der IKSO an die nächste IKSO-Delegation übergeben, und die Funktion des/der Präsidenten/in der IKSO wurde von folgenden Personen ausgeübt:
